İnsanlığı yok etmeye çalışan, Melekler adı verilen korkunç yaratıkların sürekli saldırısı altında olan B.M. Özel Ajansı NERV, Tokyo-3 şehrinin savunmasına yardım etmek için iki yeni EVA pilotunu görevlendirir: gizemli Makinami Mari Illustrous ve yoğun Asuka Langley Shikinami. Bu arada Gendo Ikari ve SEELE, hem Rei'yi hem de Shinji'yi içeren gizli bir projeye devam eder.